W ramach Programu FIO, oferty kierowane do dofinansowania wybierane są na podstawie wyników oceny merytorycznej dokonywanej przez komisję konkursową przy wsparciu zewnętrznych ekspertów. Ocena merytoryczna polega na weryfikacji jakości zaprezentowanych w niej propozycji w odniesieniu do kryteriów oceny merytorycznej.

Eksperci wyłonieni zostali w procedurze naboru oraz zostali zweryfikowani przez Dyrektora NIW-CRSO pod kątem ich doświadczenia w pracy/współpracy z sektorem pozarządowym oraz doświadczenia w ocenianiu ofert.

Dla zapewnienia przejrzystości i niezależności pracy ekspertów, dane oceniających poszczególne oferty zostają utajnione do czasu ogłoszenia wyników konkursu.